El exfuncionario fue hallado responsable por el delito de concierto para delinquir agravado, en la modalidad de crear, apoyar o financiar grupos armados al margen de la ley.
Noguera fue director del DAS desde 2002 hasta el 2006 cuando fue nombrado cónsul en Milán (Italia). El exjefe de informática del DAS, Rafael García, lo acusó de haber puesto el organismo a disposición de las autodefensas.
Por esta razón, en noviembre de 2007 fue destituido e inhabilitado por la Procuraduría para ocupar cargos públicos durante 18 años, tras hallarlo culpable de colaboración con paramilitares e incremento injustificado de su patrimonio y el de terceros con dineros públicos.
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